Josef Gilgenreiner ist Kontrabassist (Stellvertreter, erstes Pult) im Musikkollegium Winterthur und Kontrabassdozent (Hauptfach) an der Kalaidos Musikhochschule Zürich. Seit 2015 ist er ebenfalls Solobassist im Le Concert Olympique in Belgien.

Josef Gilgenreiner studierte Kontrabass in Wien bei Prof. Josef Niederhammer an der Universität für Musik und darstellende Kunst. Schon während des Studiums war er Substitut im Radio-Sinfonie-Orchester Wien (RSO) und im Orchester der Wiener Staatsoper / Wiener Philharmoniker. Als Solobassist trat er im Schleswig-Holstein-Festival-Orchester und im Gustav-Mahler-Jugendorchester auf. 1996 war er im von Claudio Abbado gegründeten Mahler-Chamber-Orchestra Solobassist. Seither hat er beim Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, dem Tonhalle-Orchester Zürich, dem Orchester der Oper Zürich, dem Luzerner Sinfonieorchester, dem Zürcher Kammerorchester und anderen mehr gespielt.
In den letzten Jahren trat er regelmäßig im Bayerischen Staatsorchester München als stellvertretender Solobassist auf.

Josef Gilgenreiner ist ein gefragter Kammermusiker. Seine Engagements führten ihn zu einer Vielzahl von Festivals. Darunter zum Rheingau Musik Festival, zu den Festwochen Gmunden, zum Festival de Musique de Menton, zum Festival St. Gallen Steiermark, zum Schwäbischen Frühling, zur Lenzburgiade und zur Kyburgiade. Dabei spielte er mit Musikern wie Nicolas Altstaedt, Christian Altenburger, Fazil Say, Daniel Schnyder, Paul Meyer und Formationen wie dem Minetti Quartett, dem Amar Quartett, der Ars Amata und vielen anderen. Eine enge Zusammenarbeit verbindet ihn mit dem international renommierten Carmina-Quartett.

Josef Gilgenreiner ist Kontrabassdozent (Hauptfach) an der Kalaidos Musikhochschule Zürich. Er unterrichtet regelmäßig Studenten der Klasse von Prof. Josef Niederhammer in Wien, er war Dozent im European Union Youth Orchestra (EUYO). In Bad Kohlgrub (Deutschland) führt er regelmäßig seinen Kontrabass-Meisterkurs im Rahmen der Klassiktage Akademie durch.

Er ist Gründer und künstlerischer Leiter der Klassiktage Ammergauer Alpen. Ebenso war er Initiator und künstlerischer Leiter der Kammermusikreihe Serenata Oberammergau. In seinem eigenen Verlag für Musiknoten verlegt Josef Gilgenreiner Neukompositionen und Kontrabassliteratur.